Cụ thể, sau khi hợp nhất, Bộ Xây dựng là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về quy hoạch xây dựng, kiến trúc; hoạt động đầu tư xây dựng; phát triển đô thị; hạ tầng kỹ thuật đô thị và nông thôn; nhà ở; công sở; thị trường bất động sản; vật liệu xây dựng; giao thông vận tải đường bộ, đường sắt, đường thuỷ nội địa, hàng hải, hàng không dân dụng trong phạm vi cả nước; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong lĩnh vực quản lý nhà nước của Bộ theo quy định của pháp luật.
Số đầu mối của hai Bộ trước khi hợp nhất là 42 đơn vị, trong đó Bộ Xây dựng có 19 đơn vị và Bộ Giao thông vận tải là 23 đơn vị (không tính Vụ quản lý doanh nghiệp và Cục Y tế Giao thông vận tải). Sau khi hợp nhất còn lại 23 đơn vị, giảm 19 đơn vị, tương đương 45,2% gồm khối tham mưu tổng hợp có 6 đơn vị, khối chuyên ngành 13 đơn vị và các khối đơn vị sự nghiệp công lập là 4 đơn vị.
Trong số 23 đơn vị, hai bộ đã tiến hành thực hiện hợp nhất khối Văn phòng, Thanh tra, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Pháp chế, Vụ Tổ chức cán bộ cũng như Trung tâm Công nghệ thông tin của hai bộ.
Ngoài ra, Vụ Kế hoạch – Tài chính hợp nhất ba đơn vị gồm Vụ Kế hoạch – Đầu tư, Vụ Tài chính thuộc Bộ Giao thông vận tải và Vụ Kế hoạch – Tài chính thuộc Bộ Xây dựng. Theo đó, vụ này có 5 phòng gồm Phòng Tổng hợp – Thống kê, Phòng Kế hoạch đầu tư, Phòng Quản lý nguồn vốn đầu tư nước ngoài, Phòng Tài chính sự nghiệp và Phòng Quyết toán và cơ chế chính sách.
Bên cạnh đó, đổi tên Vụ Vận tải thành Vụ Vận tải và An toàn giao thông cho phù hợp với chức năng và 2 mảng nhiệm vụ chính mà Vụ đang thực hiện.
Cơ cấu tổ chức của Bộ Xây dựng sau hợp nhất cụ thể như sau:
Văn phòng; Thanh tra; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Kế hoạch – Tài chính; Vụ Quy hoạch – Kiến trúc; Vụ Vận tải và An toàn giao thông; Vụ Khoa học công nghệ, môi trường và Vật liệu xây dựng;
Cục Kinh tế – Quản lý đầu tư xây dựng; Cục Giám định nhà nước về chất lượng công trình xây dựng; Cục Phát triển đô thị; Cục Kết cấu hạ tầng xây dựng; Cục Quản lý nhà và thị trường bất động sản;
Cục Đường bộ Việt Nam; Cục Hàng hải và Đường thủy Việt Nam; Cục Hàng không Việt Nam; Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đăng kiểm Việt Nam;
Trung tâm Công nghệ thông tin; Báo Xây dựng; Tạp chí xây dựng; Học viện Chiến lược, bồi dưỡng cán bộ xây dựng.
Vụ Khoa học công nghệ, môi trường và Vật liệu xây dựng ra đời trên cơ sở hợp nhất 3 đơn vị gồm Vụ Khoa học công nghệ và Môi trường trực thuộc Bộ Giao thông vận tải và Vụ Khoa học công nghệ và Môi trường; Vụ Vật liệu xây dựng thuộc Bộ Xây dựng.
Cục Kinh tế – Quản lý đầu tư xây dựng hợp nhất ba đơn vị gồm Cục Kinh tế xây dựng, Cục Quản lý hoạt động xây dựng thuộc Bộ Xây dựng và Cục Quản lý đầu tư xây dựng thuộc Bộ Giao thông vận tải.
Cục Kết cấu hạ tầng xây dựng hợp nhất từ Cục hạ tầng kỹ thuật thuộc Bộ Xây dựng và Vụ kết cấu hạ tầng giao thông thuộc Bộ Giao thông vận tải.
Cục Đường bộ Việt Nam hợp nhất với Cục Đường cao tốc Việt Nam trực thuộc Bộ Giao thông vận tải.
Cục Hàng hải Việt Nam và Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam hợp nhất thành Cục Hàng hải và Đường thuỷ Việt Nam.
Học viện Chiến lược, bồi dưỡng cán bộ xây dựng hợp nhất ba đơn vị gồm Học viện Cán bộ quản lý xây dựng và đô thị thuộc Bộ Xây dựng, Trường Cán bộ quản lý Giao thông vận tải, Viện Chiến lược và Phát triển Giao thông vận tải thuộc Bộ Giao thông vận tải.
Hợp nhất báo Xây dựng và báo Giao thông thành Báo Xây dựng.
Hợp nhất Tạp chí Xây dựng và Tạp chí Giao thông vận tải thành Tạp chí Xây dựng.
Trước mắt, hai bộ vẫn sử dụng cả hai trụ sở là số 37 Lê Đại Hành, quận Hai Bà Trưng (Bộ Xây dựng) và 80 Trần Hưng Đạo, quận Hoàn Kiếm (Bộ Giao thông vận tải).
Được biết, hai bộ thống nhất đề xuất Chính phủ tiếp tục duy trì hoạt động của Vụ Quản lý doanh nghiệp theo quy định hiện hành cho đến khi Bộ Xây dựng hoàn thành việc tái cơ cấu Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, chậm nhất đến năm 2030 phải sắp xếp theo hướng giải thể tổ chức này.
Song song đó, hai bộ cũng đề xuất Chính phủ cần sớm giao biên chế hành chính cho Cục Đăng kiểm Việt Nam bởi người hiện làm việc ở Cục được tuyển dụng theo quy định của pháp luật về công chức nhưng lại hưởng cơ chế tài chính như doanh nghiệp.
