Hàng nông sản chưa qua chế biến áp dụng thuế suất giá trị gia tăng thế nào?

Ba trường hợp áp dụng thuế giá trị gia tăng

Ngày 31/12/2025, Chính phủ ban hành Nghị định số 359/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 1/1/2026), sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 1/7/2025 quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Hàng nông sản chưa qua chế biến sẽ áp dụng mức thuế giá trị gia tăng tương ứng 1%, 5% hoặc không phải chịu thuế. Ảnh minh họa

Nghị định số 359/2025/NĐ-CP đã làm rõ và phân định cụ thể cách áp dụng thuế GTGT đối với hàng nông sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường theo từng chủ thể bán, chủ thể mua và phương pháp tính thuế GTGT.

Điểm trọng tâm của Nghị định là bổ sung khoản 1b vào Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, qua đó thống nhất cách hiểu và cách áp dụng thuế suất GTGT trong thực tiễn đối với hoạt động kinh doanh thương mại hàng nông sản.

Theo quy định mới, việc áp dụng thuế GTGT đối với hàng nông sản chưa qua chế biến được phân thành 3 nhóm trường hợp, tương ứng với 3 cách xử lý thuế khác nhau.

Trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT: Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khi mua và bán các sản phẩm: cây trồng, rừng trồng; chăn nuôi; thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác tại khâu kinh doanh thương mại.

Theo chuyên gia thuế của Hãng tư vấn W&A, đây là điểm quan trọng giúp duy trì tính trung lập của thuế GTGT trong chuỗi doanh nghiệp – doanh nghiệp đối với hàng nông sản.

Thuế suất GTGT 5% được áp dụng với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán hàng nông sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho hộ kinh doanh; cá nhân sản xuất, kinh doanh; các tổ chức, cá nhân khác thì phải tính và nộp thuế GTGT theo thuế suất 5%.

Công thức xác định thuế GTGT phải nộp trong trường hợp này là: “Thuế GTGT phải nộp = Giá tính thuế GTGT × 5%”. Quy định này nhằm đảm bảo nghĩa vụ thuế khi hàng hóa được chuyển sang khâu tiêu dùng hoặc khu vực không áp dụng phương pháp khấu trừ.

Đối với các chủ thể nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, bao gồm: hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh; doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã; các tổ chức kinh tế khác khi bán hàng nông sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường tại khâu kinh doanh thương mại, thì thuế GTGT phải nộp được tính theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.

Công thức xác định thuế GTGT phải nộp trong trường hợp này là: “Thuế GTGT phải nộp = Doanh thu × 1%”.

Tóm tắt thuế suất GTGT hàng nông sản chưa qua chế biến, áp dụng từ ngày 1/1/2026. Nguồn: W&A

Doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Theo Luật sư, TS. Phan Hoài Nam – Tổng Giám đốc Hãng tư vấn W&A, quy định mới tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP giúp làm rõ ranh giới giữa các mặt hàng nông sản không chịu kê khai, chịu thuế suất 5% và tính thuế theo tỷ lệ trực tiếp. Qua đó giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro áp dụng sai thuế suất trong hoạt động mua bán nông sản.

Điều này cũng giúp doanh nghiệp giảm tranh chấp và rủi ro bị truy thu thuế GTGT trong quá trình thanh tra, kiểm tra. Đồng thời, tạo cơ sở pháp lý thống nhất để doanh nghiệp xây dựng quy trình hóa đơn, kê khai và hạch toán phù hợp.

Để đảm bảo tuân thủ đúng quy định mới tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP, W&A khuyến nghị doanh nghiệp rà soát lại chuỗi giao dịch mua bán nông sản, xác định rõ đối tượng mua và phương pháp tính thuế của từng bên.

Doanh nghiệp cần phân loại chính xác phương pháp tính thuế GTGT đang áp dụng (khấu trừ hay trực tiếp) và điều chỉnh cách lập hóa đơn GTGT phù hợp với từng trường hợp cụ thể.

Bên cạnh đó, doanh nghiệp cần cập nhật quy trình kế toán và kê khai thuế GTGT theo quy định mới. Đồng thời, chuẩn bị hồ sơ giải trình rõ ràng khi làm việc với cơ quan thuế, đặc biệt đối với các giao dịch bán hàng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.