Năm 2017, khi Kiểm toán Nhà nước vào cuộc và thực hiện kiểm toán các công ty lâm nghiệp tại Đắk Lắk, cơ quan này đã kiến nghị truy thu toàn bộ tiền thuê đất giai đoạn 2006–2016 đối với hơn 17 doanh nghiệp, với tổng số tiền lên tới trên 54 tỷ đồng.
Những khoản truy thu này được xác định là do các doanh nghiệp không nộp hồ sơ xin miễn, giảm đúng thời điểm, bất chấp việc họ hoàn toàn thuộc diện được hưởng ưu đãi đầu tư.
Nguyên nhân chính khiến các doanh nghiệp nợ đọng tiền thuê đất là do giai đoạn trước năm 2024, dù chính sách miễn, giảm tiền thuê đất đã được quy định tại Luật Đầu tư, Luật Đất đai và nhiều văn bản hướng dẫn, nhưng lại thiếu cơ chế phổ biến và hỗ trợ cụ thể trong triển khai. Hệ quả là hầu hết các công ty nông, lâm nghiệp không nắm bắt được thông tin để kịp thời nộp hồ sơ xin miễn, giảm đúng quy định.
Tình trạng này phổ biến ở các doanh nghiệp hoạt động tại vùng sâu, vùng xa – nơi người lao động chủ yếu là đồng bào dân tộc thiểu số, còn nhiều hạn chế trong việc tiếp cận thủ tục hành chính. Trong khi đó, hoạt động sản xuất lại gặp không ít trở ngại do đất đai bị xâm canh, lấn chiếm và hạ tầng cơ sở còn yếu kém. Đáng chú ý, trong giai đoạn đó, các doanh nghiệp không được cơ quan chức năng hướng dẫn cụ thể hoặc đốc thúc thực hiện các thủ tục kê khai để được miễn, giảm chi phí, dẫn đến việc thụ hưởng chính sách một cách bị động và dễ dàng bị bỏ sót.
Những gánh nặng phát sinh từ các chính sách, cùng với việc điều chỉnh đơn giá thuê đất qua từng thời kỳ, đã đẩy nhiều doanh nghiệp vào tình cảnh khó khăn. Nhiều đơn vị buộc phải tạm dừng hoạt động, bán tài sản để trả nợ, không đủ điều kiện xây dựng phương án sử dụng đất hay tiếp cận vốn tín dụng. Trong khi đó, hàng chục nghìn hecta đất lâm nghiệp lại không được quản lý, chăm sóc hiệu quả.
Một nghịch lý đáng lưu ý là chính sách miễn, giảm tiền thuê đất lại đang vô tình loại bỏ những doanh nghiệp đang gặp nhiều khó khăn nhất. Đây cũng là điểm bất cập được cộng đồng doanh nghiệp tại Hà Nội phản ánh trong tờ trình sửa đổi dự thảo Nghị định 103.
Hiện nay, Bộ Tài chính đang thực hiện việc sửa đổi quy định cho phù hợp với tình hình mới, cụ thể là một số điều của Nghị định 103/2024/NĐ-CP của Chính phủ. Nội dung dự kiến sửa đổi được đăng tải trên Cổng thông tin điện tử của Chính phủ và Bộ Tài chính vào ngày 24/5/2025, trong đó có ý kiến từ 2 doanh nghiệp và hiệp hội của thành phố Hà Nội đề nghị được áp dụng chính sách truy thu miễn giảm như các đơn vị công lập, tạo tính công bằng minh bạch cho các doanh nghiệp và người dân.
Bộ Tài chính cho biết: Có ý kiến cho rằng khoản 3, Điều 51 Nghị định 103/2024/NĐ-CP chỉ quy định áp dụng đối với đối tượng là đơn vị sự nghiệp công lập (không áp dụng đối với doanh nghiệp). Trong khi doanh nghiệp cung cấp dịch vụ công ích như Công ty nước sạch Hà Nội cũng có vướng mắc tương tự.
Vì vậy, có ý kiến đề nghị bổ sung quy định xử lý chuyển tiếp nêu trên để giải quyết vướng mắc đối với các trường hợp thuộc tổ chức 100% vốn nhà nước sử dụng đất xây dựng các công trình cấp nước, thoát nước và xử lý nước thải tại khu vực thành thị và nông thôn thuộc đối tượng phải chuyển sang thuê đất hoặc chuyển sang thuê đất nhưng chưa hoặc chậm làm thủ tục để được miễn tiền thuê đất; Người thuê đất chậm nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất xuất phát từ các nguyên nhân khách quan, trong đó có nguyên nhân thời gian thực hiện thủ tục cho thuê đất với cơ quan tài nguyên và môi trường bị kéo dài không xuất phát từ nguyên nhân chủ quan của người nộp thuế.
Dù vậy, Bộ Tài chính vẫn chưa tổng hợp vào dự thảo với lý do mới chỉ có ít đơn vị phản ánh. Bộ Tài chính đề nghị các bộ, địa phương liên quan rà soát có thêm ý kiến về nội dung này.
Như vậy, dự thảo lần này vẫn chưa có điều chỉnh nhằm hỗ trợ doanh nghiệp và người dân tránh bị truy thu “tiền thuê đất” – khoản lẽ ra họ được miễn nhưng lại phải đóng. Trong khi đó, theo quy định mới tại Luật Đất đai 2024, người sử dụng đất không còn bắt buộc phải làm thủ tục xin miễn, giảm như trước.
Điều này khiến không ít doanh nghiệp băn khoăn khi đang từng ngày cố gắng bám trụ tại vùng khó khăn, góp phần tạo việc làm cho hàng nghìn lao động địa phương, nay lại phải gánh khoản “nợ chính sách” chỉ vì thiếu cơ chế hỗ trợ linh hoạt, kịp thời.
Bộ Tài chính vẫn đang chờ thêm các ý kiến từ địa phương. Trong khi đó, nhiều doanh nghiệp vẫn đang tiếp tục gặp khó khăn, rơi vào vòng xoáy nợ nần, ngừng trệ hoạt động; nhiều diện tích rừng cũng bị bỏ hoang do thiếu kinh phí quản lý, bảo vệ.
